Московский пограничный институт Федеральной службы безопасности РФ входит в структуру органов федеральной службы безопасности и является образовательной организацией высшего образования. Институт осуществляет свою деятельность в соответствии с Конституцией РФ, федеральными конституционными законами, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента РФ, постановлениями и распоряжениями Правительства РФ, ведомственными (межведомственными) правовыми актами, в том числе Уставом Института.